Президент России Владимир Путин провел телефонный разговор с президентом Азербайджана Ильхамом Алиевым в связи с крушением самолета Azerbaijan Airlines в казахстанском Актау, сообщила днем 28 декабря пресс-служба Кремля. В сообщении отмечается, что разговор состоялся по инициативе российской стороны. 
Путин принес извинения Алиеву за то, что «трагический инцидент произошел в воздушном пространстве России», и выразил соболезнования семьям погибших. Согласно сообщению Кремля, Путин заявил, что следовавший по расписанию самолет из Баку «неоднократно пытался зайти на посадку в аэропорт города Грозный». 
«В это время Грозный, Моздок и Владикавказ атаковали украинские боевые беспилотные летательные аппараты, и российские средства ПВО отражали эти нападения», — говорится в сообщении. 
В заявлении Кремля не сказано, что именно стало причиной крушения самолета. В нем отмечается, что российский Следственный комитет возбудил уголовное дело по статье о нарушении правил безопасности движения воздушного транспорта, а также о том, что допрашиваются гражданские и военные специалисты. 
Свою версию разговора Путина и Алиева вскоре опубликовала пресс-служба азербайджанского президента. Из нее следует, что Путин принес извинения в связи с тем, что 25 декабря самолет, выполнявший рейс из Баку в Грозный «подвергся в воздушном пространстве России физическому и техническому воздействию извне, в результате чего произошел трагический инцидент». 
Алиев в ходе разговора заявил, что на фюзеляже самолета есть «многочисленные пробоины», а пассажиры и члены экипажа, «еще находясь в воздухе, получили ранения от посторонних частиц, пробивших обшивку и попавших в салон самолета». «Свидетельства выживших бортпроводников и пассажиров самолета подтверждают факт внешнего физико-технического воздействия», — сказал Алиев Путину. 
«В ходе беседы главы государств обсудили серьезное и всестороннее расследование всех деталей этой трагедии и привлечение виновных к ответственности», — говорится в сообщении пресс-службы президента Азербайджана. 
Самолет авиакомпании Azerbaijan Airlines, следовавший из Баку в Грозный, разбился вблизи казахстанского города Актау утром 25 декабря. Погибли 38 человек. По информации Euronews и Reuters, которые ссылались на источники в правительстве Азербайджана, причиной крушения самолета стала российская система ПВО. Reuters сообщал, что ракета была выпущена по самолету, во время «воздушной активности беспилотника» над Грозным. Ракета взорвалась рядом с самолетом, повредив его обшивку.
Российские власти не подтверждали этого. Через два дня после катастрофы глава Росавиации Дмитрий Ядров заявил, что в момент захода самолета на посадку в аэропорт Грозного город атаковали беспилотники. Он утверждал, что командиру самолета предлагались другие аэропорты в России для посадки, но он принял решение следовать в аэропорт Актау. При этом источники Euronews в правительстве Азербайджана говорили, что экипаж поврежденного лайнера запрашивал аварийную посадку, но ему не позволили приземлиться ни в одном из российских аэропортов.
Вице-премьер Казахстана Канат Бозумбаев, возглавляющий правительственную комиссию по расследованию крушения самолета, сообщил 28 декабря, что эксперты приходят к выводу, что лайнер получил повреждения за пределами воздушного пространства Казахстана. Назначены судебно-трасологическая, баллистическая и взрывотехническая экспертизы, которые должны показать, «когда и от чего был взрыв».
Вскоре после крушения самолета зарубежные авиакомпании начали отменять полеты в российские города. Azerbaijan Airlines приостановила полеты в десять городов России — в Грозный, Махачкалу, Сочи, Минеральные Воды, Владикавказ, Нижний Новгород, Самару, Саратов, Уфу и Волгоград. Казахстанская Qazaq Air остановила полеты по маршруту Астана — Екатеринбург, FlyDubai отменила рейсы из Дубая в Сочи и Минеральные Воды. Полеты в Россию также приостановил национальный авиаперевозчик Израиля El Al.